華中科技大學對碩士研究生實行以2年為基礎的彈性學制，培養年限為2-3年。其中，學術型研究生中，數學與統計學院、外國語學院、新聞與信息傳播學院、醫藥衛生管理學院所有專業的培養年限為2年，其他院系所有專業的培養年限為2.5年。專業學位研究生中，法律碩士、臨床醫學各專業、口腔臨床醫學專業、中西醫結合臨床醫學專業的培養年限為3年，其他各類型專業學位研究生的培養年限為2年，近兩年，專碩學制與學碩學制基本相同，大部分專業也為三年制，學碩與專碩的區別越來越小。